Η καλή κατάσταση του κλιματιστικού συστήματος από άποψη συνθηκών υγιεινής συμβάλλει καθοριστικά στην διατήρηση της ποιότητας του αέρα εσωτερικών χώρων σε υψηλά επίπεδα. Με αυτόν τον τρόπο διασφαλίζεται ένας σοβαρός παράγοντας για την ανθρώπινη υγεία. Τα βασικά στάδια που αφορούν την υγιεινή της κλιματιστικής εγκατάστασης είναι:
Μέσω του χημικού καθαρισμού απομακρύνονται σε πολύ μεγάλο ποσοστό οι διάφοροι ρύποι που έχουν επικαθήσει στις εσωτερικές επιφάνειες των εξαρτημάτων των κλιματιστικών εγκαταστάσεων και οι οποίοι δεν απομακρύνθηκαν με τον μηχανικό καθαρισμό.
Πρόκειται για ρύπους διαφόρων μορφών (στερεών επικαθήσεων, ελαιωδών ουσιών, προϊόντων διάβρωσης, αποικιών μικροοργανισμών κλπ) οι οποίοι είτε λόγω του ότι είναι ισχυρά προσκολλημένοι στις επιφάνειες είτε επειδή το μέγεθός τους είναι πολύ μικρό, δεν παρασύρονται αποτελεσματικά από τα μηχανικά μέσα. Στην περίπτωση αυτή, οι χημικές ουσίες που χρησιμοποιούνται χαλαρώνουν τη συνοχή των επικαθήσεων ή αντιδρούν μαζί τους σχηματίζοντας αβλαβή ή εύκολα παρασυρόμενα προϊόντα.